结论先说：工资个税有两条时间线。月度这条线，发工资时代扣、次月 15 日前申报缴纳；年度这条线，符合条件的员工要在次年 3 月 1 日至 6 月 30 日完成综合所得汇算。代账公司每月做的“个税申报”，就是月度这条线上的全员全额扣缴申报。
第一层：每月代扣，次月 15 日内申报入库。《个人所得税法》第十四条规定，扣缴义务人每月所扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。配套的国家税务总局公告 2018 年第 61 号（个人所得税扣缴申报管理办法）进一步明确，扣缴义务人向个人支付工资薪金所得时应当预扣预缴税款。落到操作上是三个动作：发薪当月在工资表里算出每人的应预扣税额；次月征期内登录自然人电子税务局（扣缴端）完成申报并缴款；没有员工达到起征点、当月税款为零的，同样要报——61 号公告要求的是“全员全额”扣缴申报，一个在册领薪员工都不能漏。
第二层：所属期按“发放月份”算，不按工资归属月份算。这是最容易报错的一个口径。10 月发的是 9 月的工资，税款所属期仍然是 10 月，在 11 月征期内申报；员工 10 月 31 日离职、10 月 15 日提前发了当月工资，同样按 10 月所属期申报，离职员工要在离职当月的申报里把最后一次发放报完，次月起不再报送该人，而不是报“到 9 月为止”。把发放月份和工资归属月份混用，会出现某月无人申报、某月重复申报，数据比对时会被系统直接筛出来。
第三层：年度汇算是第二条独立的截止线。《个人所得税法》第十一条规定，居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税，需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理。多数只有一处工资、由单位按月足额预扣的员工，预扣税额与年度应纳税额一致，无需自行汇算；但有以下情形的员工要自行办理：两处以上取得工资薪金且合计后适用了更高税率、年度中间入职或离职导致减除费用和专项附加扣除不足扣、有劳务报酬等综合所得之外的收入。单位可以受托代办汇算，但需员工本人书面确认，责任仍以员工申报为准。把汇算窗口记成“到 6 月 30 日”，逾期补报要按日加收万分之五滞纳金，还可能面临《税收征收管理法》第六十二条的罚款。
第四层：漏报迟报的补救口径。当月发现漏报，在扣缴端做更正申报补缴税款，滞纳金从法定申报期届满次日起算；跨年才发现的，更正后同步核对是否影响员工本人的汇算结果。长期零申报却持续发薪的，工资数、个税申报数、社保缴费基数三者对不上，是金税系统比对的高频疑点，具体的比对逻辑与风险，见站内《社保入税后，工资、社保、个税对不上有什么风险》一文。工资之外还发全年一次性奖金的，单独计税的申报口径与时间要求，见站内《公司给员工发年终奖，个税怎么算》一文一文。
办税层面，扣缴申报统一在自然人电子税务局（扣缴端）办理，征期遇节假日依法顺延，当月具体截止日以电子税务局公告为准；工资表、申报表与缴款凭证要留存备查。
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