结论：清算不是把账面数字抹平，存货和固定资产都要按“变现、确认损益、申报清算所得”三步走——存货处置要确认增值税销项，固定资产处置走固定资产清理科目算出净损益，两项损益一并并入清算所得缴纳企业所得税。直接拉走、低价转给股东，是清算环节被系统筛出最多的两个动作。
第一层：存货的三种去向，税务口径各不相同。
按市价或公允价出售的，正常确认收入、计提销项税额，账面成本结转主营业务成本，这是最干净的一条路。分配给股东或投资人抵偿债务的，按《增值税暂行条例实施细则》第四条属于视同销售，要按同类货物的平均销售价格或组成计税价格确认销售额，同时企业所得税侧按公允价值确认资产处置所得。盘亏、霉烂变质报废的，进项税额不得抵扣，已抵扣的要按《增值税暂行条例》第十条做进项转出，损失在企业所得税上凭留存的证据材料申报扣除。注销前存货的账面盘点与申报衔接，见站内《西安公司注销前要先处理哪些账？账面有存货怎么办》一文。
第二层：固定资产处置的账务与计税。
处置时先转入固定资产清理科目：借记固定资产清理与累计折旧、贷记固定资产；发生的清理费用、应缴增值税计入清理科目；收到处置款贷记固定资产清理。清理科目借贷相抵后的差额就是处置净损益，净收益转入资产处置损益并计入清算所得，净损失凭证据申报扣除。计税上要注意销售使用过的固定资产的分档：按规定不得抵扣且未抵扣过进项税额的，依 3% 征收率减按 2% 简易计税；抵扣过进项的，按适用税率计提销项。分档的判断依据是购入时点的抵扣状态，不能凭处置时的主观选择。
第三层：两处损益汇成清算所得。
《企业所得税法》第五十五条要求注销登记前就清算所得申报纳税：清算所得等于全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，再加减债务清偿损益。存货、固定资产的处置损益只是其中两块，账面挂着的应收款、应付款同样要在这条公式里体现。清算申报与前十二个月的正常申报是两套口径，弥补亏损政策在清算期可以继续使用。清算顺序中税款位于什么位置，见站内《西安公司一般注销全流程：税务、社保、公积金的清算顺序》一文。
第四层：三个容易踩的误区。
误区一，资产未处置就注销——账面还挂着存货和固定资产，税务环节会要求先处置或说明去向，拿不出证据的按核定价格确认所得；
误区二，低价转给关联方——价格明显偏低且无正当理由的，税务机关有权按公允价格核定（《税收征收管理法》第三十五条），处置价款与公允价的差额要补税；
误区三，折旧没提完就清账——固定资产停止使用当月仍要计提折旧，清算前账面净值与计税基础对不上，处置损益就算不准。固定资产账实核对的方法，见站内《公司银行流水和账面余额对不上，代账能查什么》一文。
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