结论：先定性、再处理——真实交易取得异常凭证的，进项转出补税，可以不按偷税处理；明知或应知虚假仍买入抵税的，按偷税或虚开追责。 主动自查纠正与被动查处，处理力度相差一个量级，发现问题的第一动作是停止使用并自查，而不是继续入账。
一、先分清买到的“假发票”是哪一种
常见两类，法律性质不同。
票面为假：伪造的发票，票面信息查验不到或与开具方不符，交易对手用假票结算，对应上游可能构成非法制造或出售非法制造的发票。
票真业务假：发票本身能查验通过，但交易不真实或金额不实，属于虚开发票，这类在企业取得的“问题票”里占多数。两类都进不了账：不合规发票不得作为税前扣除凭证，抵扣了的进项都要转出。
二、善意与恶意，处理差在哪
善意取得按国税发〔2000〕187 号口径处理：交易真实、资金流票面一致、企业不知晓上游虚开的，不以偷税论处、不予处罚，但已抵扣的进项税额应当转出；成本扣除依《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第 14 条，凭合同、付款凭证、出入库单等证实支出真实性后仍可扣除。恶意取得——明知无交易仍购买，或价格、开票方式明显异常仍接受的——按《税收征管法》第 63 条偷税处理，0.5 倍至 5 倍罚款，构成虚开的移送追究刑事责任，首次查处前补缴免于刑事追究的机会只有一次。
三、异常凭证：上游问题向下传导
上游走逃失联、存续经营异常的，其开具的发票可能被认定为异常增值税扣税凭证（国家税务总局公告 2019 年第 38 号）：尚未申报抵扣的暂不允许抵扣；已申报抵扣的，除另有规定外一律转出；已办理出口退税的追回。接受异常凭证的企业即使交易真实，也要先转出，再按程序申请核实——纳税信用 A 级的纳税人可在规定期限内提出核实申请，核实期间相关凭证暂不转出，经核实符合规定的可不作转出。采购环节查验发票真伪可逐票通过全国增值税发票查验平台核验，方法与取得发票的完整要求见发票抬头写错了还能补救吗。
四、处理动作与时序
发现取得问题发票后的顺序：停止使用并暂停抵扣该批发票；逐票查验定性；善意取得的，更正申报转出进项，成本凭证补强；恶意或定性存疑的，在税务机关进场前完成更正与补缴——主动纠正的处理依据与后果差异。此后进入检查配合阶段的，企业的材料准备与代账机构的配合边界，见公司被税务稽查，代理记账公司要配合什么。
一个误区要纠正：钱付了、货收了，票出问题就“不是我的责任”。 交易真实只是抗辩的起点，凭证是否合规、取得环节是否尽到查验义务，决定进项能不能保住、罚款会不会落地。查验动作本身不复杂：收到专票先在查验平台核验票面，核对开票方名称与合同签订方、收款账户是否一致，三者对不上的，退回换开或暂不入账。
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