一句话结论：手续分公司内部和对外登记、申报两条线，30 日内办完变更登记；税只有两笔——转让方的个人所得税（20%）、双方各自的印花税（万分之五），但申报义务链上有三个角色都得动：转让方、受让方、被投资企业。
公司内部先办三件事
依《公司法》第八十七条，公司应当及时注销原股东的出资证明书、向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载，对章程的该项修改不需再由股东会表决。同时依第八十六条，受让人自记载于股东名册时起才可以向公司主张行使股东权利——所以名册记载不能拖。
对外登记这条线
股东会决议（修改章程属特别决议，须三分之二以上表决权通过）→ 修改公司章程 → 自决议之日起 30 日内申请变更登记（实施细则第三十一条），涉及分公司的，主公司变更后 30 日内一并办。材料：变更登记申请书（公司法定代表人签署）、股东会决议或者决定、修改后的章程或者章程修正案、新股东主体资格文件或身份证件、股权转让协议，以及其他股东放弃优先购买权的书面材料（对外转让时）。西安可走陕西政务服务网全程网办，各区承诺 1 个工作日、法定 3 个工作日，不收费。
办完之后，同步更新三处：银行预留的受益所有人等账户信息、税务系统股东信息、章程和名册的留存原件。
涉及的税：两笔，申报有三条线
个人所得税：财产转让所得适用 20% 税率。以股权转让方为纳税人、受让方为扣缴义务人，纳税地点是被投资企业所在地税务机关，不是受让方所在地。转让方拿到的必须是税后净价。
申报时点是转让行为发生后的次月 15 日内，而“发生”有六种情形，命中任一即触发：受让方已支付或部分支付转让价款；股权转让协议已签订生效；受让方已经实际履行股东职责或享受股东权益；国家有关部门判决、登记或公告生效；股权被司法或行政机关强制过户、以股权对外投资、抵偿债务等行为已完成；税务机关认定的其他有证据表明股权已转移的情形。
另外两个角色也有义务：受让方应在股权转让协议签订后 5 个工作日内向主管税务机关报告转让情况；被投资企业应在董事会或股东会结束后 5 个工作日内报送股东会决议、会议纪要，并在次月 15 日内报送《个人所得税基础信息表（A 表）》及股东变更情况说明。
印花税：按产权转移书据税目，税率万分之五，由转让双方各自缴纳；符合小微企业等条件的可享受六税两费减征优惠（财税〔2023〕12 号，执行至 2027 年底）。转让非上市公司股权不属于增值税征税范围，不涉及增值税。
转让方是公司时要交企业所得税：自然人股东按个人所得税处理；转让方本身是公司的，经营性股权（子公司股权）转让所得属于企业所得税应税所得，要按 25% 税率申报。这一条最容易漏，尤其在集团内部调架构时。
三个容易踩的坑
一是申报收入明显偏低被核定。 申报收入低于股权对应的净资产份额、低于初始投资成本、低于同企业其他股东的转让价、低于同类行业企业转让价，以及缺乏合理性的无偿让渡，都算“明显偏低”。税务机关按净资产核定法、类比法、其他合理方法的顺序核定，账上有很多房产、土地、知识产权的，0 元转让几乎必被按净资产份额重算。
有正当理由的偏低才不会被调整：能证明因政策调整导致生产经营受重大影响；三代以内直系亲属之间转让；企业章程规定不能对外转让的员工内部股权；以及能举证的其它合理情形。
二是只办工商不申报税。 次月 15 日是硬期限，受让方作为扣缴义务人拖着不申报，税务机关可以直接向受让方追缴，还可能认定企业未依法履行扣缴义务。
三是以为“公司没赚钱就不用交税”。 转让所得是按股权转让收入减股权原值和合理税费计算的，与公司账上有没有利润、经营是否亏损无关；亏损公司的股权照样可能有转让所得。
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